Alors que les monuments de Samarcande sont répartis dans une ville moderne, le cœur historique de Boukhara a survécu en grande partie intact et se parcourt à pied — le complexe de Poï-Kalon, la forteresse de l'Ark et une série de dômes marchands et de médersas à quelques centaines de mètres les uns des autres autour du bassin de Liab-i-Haouz.
Boukhara a été pendant des siècles un grand centre d'enseignement islamique, et cette histoire se lit dans la densité des médersas concentrées dans une vieille ville compacte. C'est une ville plus facile à découvrir à pied que Samarcande, ce qui en fait une bonne deuxième étape après une première journée plus étendue.